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Si bien la potencialización de la energía que nos brinda la naturaleza puede traer muchos beneficios, también debemos considerar que al tener que irrumpir en el ciclo normal en que se producen ciertas condiciones, podemos traer consecuencias graves.
Existe una amplia gama de efectos que puede producir la utilización de esta energía que, ya sea directa o indirectamente, cambian nuestro entorno y nuestras condiciones de vida.

•Como primer efecto nocivo podemos hablar de la deforestación producida para crear los caminos de acceso a estos lugares elegidos para poner las plantas geotérmicas , que por lo general no están en sectores de fácil ingreso por las características que necesitan tener.

•Otro tipo de contaminación es la acústica, que es producida en las primeras fases de exploración, construcción y producción, donde el ruido puede alcanzar los 120 dB traspasando el umbral del dolor.

•En cuanto a los gases emitidos, encontramos dióxido de carbono y sulfuros de hidrógeno (provoca mal olor, puede dañar el sistema respiratorio y en grandes cantidades puede ser fatal), con trazas de amoníaco (irritante), hidrógeno, nitrógeno, metano, radón (en emisiones altas es carcinógeno por inhalación) y algunas especies volátiles como boro, arsénico y mercurio.

•Puede producir también contaminación de las aguas, a través de los fluidos que contienen químicos de mayor toxicidad como por ejemplo boro, litio, arsénico, sulfuro de hidrógeno, mercurio, rubidio y amoníaco, los que al ser depositados en algún rio o lago, pueden llegar a afectar a la vegetación de ésta y a los seres vivos que la habitan, afectando sus condiciones de vida o incluso terminar con ella.

•Finalmente encontramos el impacto visual que se produce debido a que se requieren lugares con condiciones específicas, los que muchas veces tienen un valor paisajístico muy alto (como géisers o termas) y debido a la instalación de estas plantas bajan abruptamente. En este caso, afecta de una forma diferente, ya que Chile se caracteriza por tener unos paisajes muy variados y bellos, los que reciben durante todo el año gente de todo el mundo, la que disminuye su preferencia por nuestro país en el lugar que destruyan sitios turísticos como los son estos sectores.

A pesar de lo anterior, debemos destacar que la utilización de energía geotérmica como una de las más limpias de las energías alternativas.